Hovedforskellen mellem fotosyntese og kemosyntese er, at fotosyntese er processen med at omdanne energi fra sollys til kulhydrater ved fotoautotrofer, mens kemosyntese er processen med at omdanne den kemiske energi af uorganiske forbindelser eller metan til organiske forbindelser ved kemoautotrofer.
Fotosyntese og kemosyntese er to vigtige processer, der gør det muligt for levende organismer at producere mad til dem. Både fotosyntese og kemosyntese hjælper med at opretholde de levende organismer. Selvom begge processer bruger CO 2 og producerer organiske forbindelser, adskiller de sig fra flere karakteristika som beskrevet i artiklen. Som navnene antyder betyder foto sollys og kemo betyder kemikalie. Derfor giver sollys energi til fotosyntese, mens den kemiske energi fra uorganiske forbindelser giver energi til kemosyntese.