Hovedforskellen mellem blågrønne alger og grønalger er, at blågrønalger er prokaryote organismer, der tilhører Kingdom Monera, mens grønalger er eukaryote organismer, der tilhører Kingdom Protista.
Fotosyntese er den proces, der vises af fotoautotrofer. Det er processen, der syntetiserer kulhydrater (fødevarer) ved at fange energi fra sollys. Processen kræver tilstedeværelse af fotosyntetiske pigmenter, CO 2 og vand. Fotoautotrofer besidder fotosyntetiske pigmenter til at udføre fotosyntese. Der er tre hovedgrupper af fotoautotrofer som planter, cyanobakterier (blågrønne alger) og alger (herunder grønalger). Derfor er både blågrønne alger og grønalger fotosyntetiske organismer. Imidlertid er blågrønne alger prokaryote organismer, mens grønne alger er eukaryote organismer. Følgelig er der en forskel mellem blågrønne alger og grønalger baseret på deres cellulære organisation og andre egenskaber.
