Hovedforskellen mellem cytoplasma og protoplasma er, at cytoplasma er en del af protoplasma, der ikke inkluderer kernen, mens protoplasma er det levende indhold af en celle, der inkluderer cytoplasma og kernen.
Cellen er den grundlæggende enhed af levende organismer. En celle indeholder forskellige komponenter, herunder cellevægge og cellemembraner, kerne, celleorganeller, cytoplasma, vand, forskellige væskeformige materialer osv. Protoplasma fungerer som det fysiske livsgrundlag og består hovedsageligt af vand. Cytoplasma og protoplasma er suspensioner, der holder organeller og tilvejebringer steder til at udføre alle de biologiske processer i en celle. Cytoplasma er en del af protoplasma, som er den gelélignende væske i cellen.