Hovedforskellen mellem maternel og faderlig DNA-test afhænger af typen af DNA-kilde, der anvendes i testproceduren. Maternel DNA-test bruger mitokondrie-DNA til at opnå moderens forfædre, mens fædres DNA-test bruger Y-DNA til at opnå fædres herkomst.
Bestemmelse af herkomst hos både mænd og kvinder er vigtig for at bestemme familierelationer. Desuden bestemmer maternel og faderlig DNA-test også identiteten af enkeltpersoner. Nogle af de molekylære teknikker, der anvendes i denne analyse, er DNA-fingeraftryk, Short Tandem Repeats-analyse og Restriktionsfragmentlængde polymorfisme (RFLP).
