Hovedforskellen mellem cyste og spore er, at cyste er et sovende stadium af bakterier eller protozoer, der letter deres overlevelse under ugunstige miljøforhold, mens spore er en reproduktiv struktur, der kan udvikle sig til et nyt individ.
Mikroorganismer, især bakterier, producerer forskellige strukturer såsom cyster, endosporer osv. For at overleve og spredes i forskellige miljøer. Cyster er sovende strukturer, der hjælper dem med at overleve under barske miljøforhold. Det er ikke en reproduktiv struktur. I modsætning hertil er en spore en reproduktiv struktur, som kan give anledning til et nyt individ. Formålet med denne artikel er at diskutere forskellen mellem cyste og spore.