Hovedforskellen mellem primære og sekundære metabolitter er, at primære metabolitter er slutprodukterne af metabolisme, der direkte deltager i normal vækst, udvikling og reproduktion af en organisme, mens sekundære metabolitter er metabolitterne, der ikke direkte deltager i normal vækst, udvikling og reproduktion af en organisme.
Metabolitter deltager i væksten af organismer gennem metabolisme. Metabolisme er summen af alle de biokemiske reaktioner, der forekommer i en organisme. Der er to hovedkategorier af metabolitter afhængigt af oprindelse og funktion. De er primære metabolitter og sekundære metabolitter.