Hovedforskellen mellem biologisk ur og døgnrytme er, at biologisk ur er en organisms medfødte tidsindretning sammensat af specifikke molekyler, der interagerer med celler i hele kroppen, mens døgnrytmen er en fysisk, mental og adfærdsmæssig ændring, der følger en daglig cyklus.
Vi føler os søvnige om natten, men vi er energiske og holder os vågen hele dagen. Årsagen bag dette er det cirkadiske biologiske ur. Det biologiske ur er vores medfødte tidsindretning, som styres af vores hjerne. Døgnrytme er en naturlig og intern proces, der gentages hver 24. time. Døgnrytme kan påvirke søvn- / vågecyklussen. Hvert væv og organ i vores krop fungerer efter biologisk ur og døgnrytme. Døgnets ursystem er en vital reguleringsfaktor for næsten alle fysiologiske aktiviteter i vores krop. Forstyrrelser i det cirkadiske ursystem kan medføre alvorlige konsekvenser for menneskers sundhed.