Hovedforskellen mellem neurotransmittere og hormoner er, at neurotransmittere er de kemiske budbringere, der bruges af nervesystemet til at transmittere nerveimpuls over synapserne, mens hormoner er de kemiske budbringere, der bruges af det endokrine system til at stimulere eller kommunikere med specifikke målceller.
Nervesystemet og det endokrine system er meget vigtige organsystemer i vores krop, der regulerer forskellige aktiviteter. Begge systemer er afhængige af frigivelsen af specielle kemikalier, enten som henholdsvis neurotransmittere eller som hormoner. Disse neurotransmittere og hormoner fungerer som kemiske budbringere og letter nerveimpulsoverførslen og reguleringen af fysiologiske aktiviteter i vores krop.