Hovedforskellen mellem direkte og indirekte immunfluorescens er, at den direkte immunfluorescens bruger et enkelt antistof, der virker mod målet af interesse, mens den indirekte immunfluorescens bruger to antistoffer til at mærke målet af interesse.
Immunfluorescens eller cellebilleddannelse er en teknik, der bruges til at mærke et specifikt målantigen med en fluorofor. Her er fluoroforen en fluorescerende kemisk forbindelse, der kan genudsende lys ved lys excitation. Når en fluorofor binder til målantigenet, tillader det påvisning af målmolekylet i prøven. For at beskrive det yderligere, når et antigen binder med et specifikt antistof, kan det konjugeres med fluoroforer. Derfor er det let at detektere tilstedeværelsen af målantigenet i prøven, når man observerer under fluorescensmikroskopet.
Derudover er der to typer immunfluorescens; direkte og indirekte immunfluorescens. Forskellen mellem direkte og indirekte immunfluorescens ligger hovedsageligt i antallet af anvendte antistoffer og fluorofor-konjugationen. Det vil sige, i direkte immunfluorescens, fluoroforen direkte konjugeret med det primære antistof, mens fluorophoren i indirekte immunfluorescens konjugeres med det sekundære antistof.
