Hovedforskellen mellem aerobe og anaerobe muskler er, at de aerobe muskler kræver ilt til deres funktioner, mens de anaerobe muskler ikke kræver ilt for at fungere.
Muskler er de vigtigste komponenter, der involverer i vores bevægelser. Desuden hjælper de med at opretholde kropsformen. Muskler er i stand til at respire både aerobt og anaerobt. Derfor gennemgår muskler funktioner i nærvær og fravær af ilt. Baseret på det er der to muskler, nemlig aerobe og anaerobe muskler. Aerobe muskler kræver ilt til deres cellulære åndedræt. Med andre ord afhænger disse muskler af ilt til energiproduktion. Derfor er mitokondrier til stede i stort antal. På den anden side kræver anaerobe muskler ikke ilt til generering af energi. De har mitokondriefragmenter eller de enzymer, der kræves til anaerob respiration. Derfor er de ikke afhængige af ilt. Således er den største forskel mellem aerobe og anaerobe muskler behovet for ilt.
