Hovedforskellen mellem endogene og eksogene antigener er, at det endogene antigen genereres i cellerne, mens det eksogene antigen kommer ind i kroppen udefra.
Antigen er et molekyle eller et stof, der reagerer på et produkt med et specifikt immunrespons og stimulerer antistofdannelse. Antigenicitet af det pågældende molekyle er et antigens evne til at inducere antistofproduktion. Antigener kan også være enten et protein eller et polysaccharid. Desuden formidler antigenpræsenterende celler (APC'er), såsom dendritiske celler, processerne med antigenoptagelse, antigenbehandling og antigenpræsentation. Afhængig af immunaktiviteten kan antigener desuden klassificeres som immunogener, tolerogener eller allergener. Desuden kan vi også klassificere antigener efter deres oprindelse som eksogene eller endogene.
